Meskipun tak berpikiran untuk kuliah, Pippen akhirnya bergabung bersama Unversity of Central Arkansas (UCA). Meskipun demikian dia sempat tak mendapatkan tempat di tim kampusnya.
Pelatih UCA saat itu menilai Pippen tak cukup baik sehingga hanya memperbolehkan dia menjadi manajer peralatan tim. Meskipun bergelar manajer, tugas Pippen sebenarnya tak lebih dari membersihkan lapangan, memungut bola dan merapikan alat latihan.
Kesempatan emas datang pada tahun kedua dia berada di kampus itu. Sejumlah pemain basket yang mendapatkan bea siswa harus hengkang karena nilai akademinya dinilai terlalu rendah.
"Saya kembali menemui pelatih. Saya sangat mendesak dia dan akhirnya dia memberikan saya bea siswa tersebut," kata Pippen.
Dia pun tak menyianyiakan kesempatan itu. Dia berlatih keras untuk meningkatkan performanya. Di akhir tahun keduanya di UCA, Asisten Pelatih Arch Jones bahkan menyebut dia sebagai pemain terbaik di tim mereka.
Pada tahun keempat di UCA, Pippen pun langsung menarik minat para pemandu bakan NBA. Dia ditarik oleh Seattle SuperSonics pada 1987 dan langsung menukarkan dia dengan Olden Polynice dari Chicago Bulls.
